עבודת התכנון לקירוי שרידי הכנסייה הביזנטית והחדרים שמדרום לה היא שלב בהכשרת אתר 'השומרוני הטוב' לביקור קהל. האתר עתיד לשמש מוזיאון פתוח ולפיכך הוחלט לשחזר במלואה את רצפת הפסיפס בכנסייה.
האתר, בבעלות הממונה על הרכוש הממשלתי הנטוש (גוש: 68, חלקה: חלק מחלקה סלעת אד-דם באדמות הכפר נבי מוסא, חלק מחלקה אל חן, חלק מחלקה שעב אבו-דבע באדמות הכפר ענתא), ממוקם סמוך לכביש ירושלים - ים-המלח, והוא מבודד היום ממקום יישוב. אתר 'השומרוני הטוב', או בשמו הערבי ח'אן אל-חתרורה ("אכסניית הרעבים"), יושב ככל הנראה בימי הבית השני, אך נותרו בו שרידים מעטים מתקופה זו. לפי המסורת הנוצרית, במקום זה ארע המעשה בשומרוני הטוב המתואר בברית החדשה (לוקאס 10, דרשת "השומרוני הטוב"). בתקופה הביזנטית, כנראה בשלהי המאה הו' לסה"נ, נבנתה במקום כנסייה (וייתכן שאף מנזר) לציון המעשה. בתקופה הצלבנית נבנה במקום ח'אן ששימש ברציפות עד לתקופה העות'מאנית. בתקופה הממלוכית שימש האתר תחנה להחלפת סוסים ברשת הדואר הממלכתית; בקיר המזרחי המקיף את המתחם ניתן עדיין להבחין באבני קשירה למושכות הסוסים. בראש ההר שמצפון לח'אן נבנתה בתקופה הצלבנית מצודה (קאסטל רוג') שנועדה להגן על צליינים נוצריים בדרכם מירושלים לאתרי הטבילה בירדן ובים-המלח. האתר ניטש לאחר קרב קרני חיטין. על המצודה הצלבנית בנה צ'לאח א-דין מצודה. היום ניתן לראות במקום את שרידי החפיר המקיף את המצודה ולזהות חלקים מן הקמרונות.
הכנסייה. מידות הכנסייה הן כ-20 מ' אורך ו-11 מ' רוחב. השרידים כוללים את בסיס הקיר הפנימי של הנרתקס, בסיסי שתי שורות העמודים שהפרידו בין הסיטרות לאולם המרכזי, חמישה עמודים בכל שורה. מחזיתות הכנסייה שרדו בסיסי הקירות, אפסיס בחזית המזרחית ומשני צדיו חדרים קטנים. רצפת הפסיפס של הכנסייה שוחזרה בשלמותה בפיקוח תחום שימור ברשות העתיקות בשנת 2005.
בניית הקרוי. בעת בניית הקרוי, שנועד להצל על המבקרים באתר, הצבנו לעצמנו מטרה להימנע מפגיעה בשרידים המקוריים והמשוחזרים כאחד. בהתאם, שלד הגג תוכנן על מספר עמודים מצומצם, ארבע שורות של עמודי עץ ובכל שורה ארבעה עמודים בלבד. שורת עמודים נוספת נועדה לתמוך את הקרוי באזור החדרים שממזרח למתחם הכנסייה.
מקור ההשראה לצורת הקרוי הוא גג כנסייה מהתקופה הביזנטית: גג דו שיפועי מעל האולם המרכזי ושני גגות משופעים מעל הסיטרות. לצורך תצוגה עתידית בשטח הנרתקס וכן מעל לאפסיס נקבע קרוי שהוא המשך של הגג המרכזי. מעל החדרים ממזרח נקבע גג משופע בכיוון אחד שנועד לקרות תצוגת פסיפסים במקום.
הקרוי המתוכנן אמור היה להיות מבד, אולם במהלך הביצוע הוא הוחלף בעץ. במתכונת זו הוא מגן על רצפת הפסיפס משמש ומגשם.
